Durante siglos, Djibouti ha estado habitado por comunidades nómadas, pertenecientes a los pueblos Far y Issas, implantados fuertemente en Etiopía y Somalia respectivamente.
En 1862 los franceses firmaron un tratado con las autoridades Far que les permitiría asentarse en la costa norte del país. A partir de esa fecha, poco a poco la presencia francesa fue haciéndose cada vez mayor. En 1915 acabaron la construcción del ferrocarril que uniría Djibouti con Addis Ababa, Etiopía. En 1945 la Somalia Francesa, que era la región de Djibuti controlada por los franceses, fue declarado Territorio Francés de Ultramar.
Las tensiones entre los Far e Issas con los franceses produjeron a finales de los años 60 y principios de 1970 brotes de violencia que fueron disponiendo a los franceses para su retirada del país, hecho que se llevaría a cabo en 1977, con el nacimiento del nuevo Estado, con Hassan Gouled Aptidon como Presidente, apoyado por una considerable presencia de tropas francesas.
Desde 1991, Gouled se vió enfrentado con la rebelión armada de los Far, organizados en el Frente para la Restauracion de Unidad y la Democracia (FRUD), quien controla grandes zonas del territorio nacional. Desde entonces, después de dos de años de rebeldía en su mayor parte exitosa, el gobierno infligió una serie de derrotas militares importantes sobre FRUD.
Estas derrotas crearon divisiones serias entre los grupos Far, y en 1994, una de las facciones, dirigida Kifleh Ahmed, firmó un acuerdo de alto el fuego con el gobierno, la incorporación de miembros del FRUD en la dirección de las fuerzas armadas del país y la formación de un gobierno con participación Far. Este acuerdo no fue reconocido por otra fracción del FRUD, la principal en cuanto apoyo popular y medios armamentísticos, dirigida por Ahmed Dini.
